核桃在存放期間容易發生霉變、蟲害和變味。核桃富含脂肪，而油脂易發生氧化敗壞，尤其在高溫、光照、氧充足條件下，加速氧化反應，這是核桃敗壞的主要原因。因此核桃貯藏條件要求冷涼、干燥、低O2和背光。

　　理論上核桃適宜采收期是內隔膜剛變棕色，此時為核仁成熟期，采收的核仁質量最好，生產上核桃果實成熟的標志是青皮由深綠變淡黃，部分外皮裂口，個別堅果脫落。核桃在成熟前一個月內果實大小和鮮重（帶青皮）基本穩定，但出仁率與脂肪含量均隨采收時間推遲呈遞增趨勢。采收過早的核仁皺縮，呈黃褐色，味淡，適時采收的，核仁飽滿，呈黃白色，風昧濃香；采收過遲則使核桃大量落果，造成霉變及種皮顏色變深。 我國主要采用人工敲擊的傳統方式采收核桃，適于分散栽培。美國采用機械振蕩法振落采收，在80%的果柄形成離層時進行，如果采收前2～3周噴布125mg/kg的乙烯利和250mg/kg的萘乙酸混合液，可一次采收全部堅果，并比正常采收期提高5～10d，保證堅果品質優良。但要注意乙烯利濃度不能過大，否則會造成大量落葉，影響核桃樹的后期生長。

　　堅果干燥是使核殼和核仁的多余水分蒸發掉，其含水量均應低于8%，高于這個標準時，核仁易生長霉菌。生產上以內隔膜易于折斷為粗略標準。 美國的研究認為，核桃干燥時的氣溫不宜超過43.3℃，溫度過高會使核仁脂肪敗壞，并破壞核仁種皮的天然化合物。因受熱導致的油脂變質有的不會立即顯示，將在貯藏后幾周，甚至數月后才能表現。 我國核桃干燥，北方以日曬為主，先陰涼半天，再攤曬5～7d可干。南方由于采收多在陰雨天氣，多采用烘房干燥，溫度先低后高，至堅果互相碰撞有清脆響聲時，即達到水分要求。