經常適度深耕，可打破犁底層，增加耕作層通透性，有利于作物根系的充分發育，是小麥花生兩熟制重要增產措施。據試驗，連年淺耕（<20厘米）的土壤深耕（25～30）后，可使小麥花生增產10%以上；但在一定年限內，深耕次數與增產量無明顯正相關關系。例如，３年內進行１次、２次、３次深耕的３個處理，小麥花生兩作全年混合產量相差不到２個百分點，表明每年重復深耕是沒有必要的。試驗和實踐表明，每３～４年深耕１次，既可起到深耕的增產作用，又可降低生產成本和避免犁底層的出現。深耕一般在輪作周期第１年秋天小麥施肥后進行，深度以25～30厘米，深耕年的施肥量比常年可適當增加。